1451 йилда туғилган. Унинг исми Муҳаммад бўлиб, Чингизхоннинг тўнғич ўғли Кучининг ўғли Шибан, (араблашган шакли Шайбон) шарафига Шайбоний Хон (Шибан Хон, Шайбоқ Хон [Шейбек] Хон, Шоҳ Бахт Хон, Шоҳи Бег Хон) унвони билан танилган. Отасининг исми Шоҳ Будак, онаси эса қалмоқ маликаларидан бўлган Оққўзи Бегимдир. Мўғул хони Юнусхон томонидан отаси ўлдирилиб, ўша йили бобоси Абулхайрхон ҳам вафот этгач, укаси Маҳмуд билан Отабек Уйғурхон ва амир Карачин бек ҳимоясида Даштиқипчоқни тарк этади; Астарахан (Аштархон)га бориб, Қосимхон дагоҳидан паноҳ топади. Кейин темурийлардан Аҳмад мирзо ҳукмронлиги остида бўлган Бухорога кўчиб ўтади. Бухоро мадрасаларида таҳсил олади, араб ва форс тилларини ўрганади. Яссавия ва нақшбандия шайхлари билан яқин алоқалар ўрнатади. Кейин Даштиқипчоққа қайтиб келади; Сирдарё бўйидаги Аркук ва Сиғноқ (бугунги Қўрғон қурбонгоҳи ҳаробалари) каби шаҳарларни эгаллади. 1488 йилда Чиғатой хони Маҳмуд хизматига киради ва муваффақиятлари эвазига Туркистонда (Яссида) унга ватан берилади.

Бу ерда ўз таъсири ва қудратини оширган Шайбонийхон Ҳусайн Бойқаро бошқарувида бўлган Хоразмга сафар уюштиради, аммо натижа бўлмайди. Кейин қозоқ хони Бурундуқ (Барандақ) билан уруш бошлайди. У Бурундуқхонни енгиб, Урганч (Хива) шаҳрини қамал қилади. Бу орада Саброн аҳли қўзғолон кўтариб, ҳокимни ўрнига Шайбонийхоннинг укаси Маҳмудни тайинлайди, аммо қозоқлар келиши билан Маҳмуд шаҳарни тарк этиб, Шайбонийхонга қўшилади.

Шайбонийхон темурийлар ўртасидаги ғалаёндан фойдаланиб, 1500 йили Бухоро ва Самарқандни эгаллайди, аждоди Шайбон номи билан аталган Шайбонийлар (ўзбеклар) сулоласига асос солади. Жон Вафо Мирзони Самарқандга ҳоким этиб тайинлайди ва у Самарқанд яқинидаги Хожа Дийдор қалъасида яшай бошлайди. Бироқ Бобур Самарқандга юриш уюштириб, ўн тўрт кунлик қамалдан кейин шаҳарни қайтариб олади. Шайбонийхон Самарқандни қайтариб олиш учун Бобурга қарши юриш қилади ва уни оғир мағлубиятга учратади. Самарқанддан бошпана топишга мажбур бўлган Бобур қариндош-уруғларидан, дўстларидан ёрдам сўрайди, аммо ҳеч ким ёрдамга келмайди. Шайбонийхон тўрт ойлик қамалдан сўнг 1501 йили Самарқандни эгаллайди. У Сирдарё бўйлаб юришини давом эттиради; Ўша йилнинг қишида музлаган дарёдан ўтиб Шоҳрухия ва Тошкентга, баҳорда Ўратепага юриш қилиб, қайтиб келади.

Фото: Исмоил Сафавий- Муҳаммад Шайбонийхон жанги. 

Шайбонийхон Тошкентни эгаллагач, Мовароуннаҳрнинг қипчоқ ҳукмдори Хусравшоҳ ҳукмронлигидаги жанубий қисмларига бир неча марта юриш қилади. Бу орада Султон Ҳусайн Байқаронинг ўғли Бадиуззамон қўл остида бўлган Балҳни қамал қилади, лекин кейин Балхни тарк этиб, 1503 йилда Андижонни эгаллайди. Шайбонийхоннинг Жайҳундан ўтиб, бирин-кетин турли қалъаларни эгаллашидан безовта бўлган Ҳусайн Байқаро Бобур ва Хусравшоҳ билан иттифоқ тузади, лекин бу уриниш ҳеч қандай фойда келтирмайди.

Шайбонийхон 1504-1505 йили Фарғона, Ҳисор ва Қундузни эгаллади. Кейинги йили Ҳусайн Бойқаро амирларидан Султон Қуличак қўлида турган Балҳни қамал қилиб, уни ҳам қўлга киритди. Ҳусайн Бойқаро Шайбонийхонни тўхтатиш учун ўғли Бадиуззамонни юборди ва ўзи ҳам унинг орқасидан ҳаракат қилди. Ҳусайн Бойқаронинг Ҳиротдан чиққач, кўп ўтмай – 1506 йилда вафот этиши  Шайбонийхоннинг Мовароуннаҳрдаги мавқеини мустаҳкамлади.

Темурийларнинг иккинчи пойтахти Ҳиротга қарши сафарга чиққан Шайбонийхон, Жайҳундан ўтиб, Шоҳ Мансур Бахшидан Андхўйни тортиб олди. 1507 йили Ҳиротни эгаллади. У Хуросонда темурийлар сулоласига чек қўйди. Ҳусайн Байқаронинг ўғиллари Музаффар Ҳусайн ва Бадиуззамон Журжонга қочиб кетишди. Шайбонийхон Қандаҳорга юриш қилиб, шаҳарни қамалга олди, орадан бироз вақт ўтиб қамални тўхтатди. Шу йили Машҳадни эгаллади. 1508 йили Астрабод ва Бистом жанубини эгаллашга ҳаракат қилди.